L'Ambiente della Giara alterna bosco, gariga, prateria erbosa e paludi.
La flora è costituita da circa trecento specie in gran parte legate ad ambienti aridi, più una piccola parte di specie idrofile legate ai particolari ambienti umidi dei Paulis.
Gran parte delle specie sono di tipo mediterraneo con una componente di specie endemiche sardo-corse, tra cui spicca un paleo endemismo detta "Morisia Monantha".
Particolare rilievo assumono le piante officinali e rare specie di orchidea selvatica.
Boschi di sughere, roverelle e leccio si alternano alla macchia mediterranea caratterizzata dalla presenza di biancospino, corbezzolo, lentisco, mirto e cisto.
Le praterie sono principalmente ad asfodelo. Particolarmente belle sono anche le praterie acquatiche, dove dominano i ranuncoli che colorano il pelo dell'acqua delle paludi.